在近期的调研中，有台商反映因近年来两岸经贸合作关系日益密切，在大陆投资的台资企业与岛内的合作关系也更加紧密，大陆台资企业的各层级人员赴台进行交流培训、商务洽谈等业务活动越来越频繁，人次也越来越多，而由此在岛内产生的相关差旅费用均只有台湾地区的发票作为支出凭证。而在实际工作中，税务人员往往以无法确认真假为由对台湾的发票不予认可，客观上造成台湾发票不能计入企业成本核算，在无形之中增加了台资企业的成本负担。
    根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十四条规定，单位和个人从境外取得的与纳税有关的发票或者凭证，税务机关在纳税审查时有疑义的，可以要求其提供境外公证机构或者注册会计师的确认证明，经税务机关审核认可后，方可作为记账核算的凭证。在实际操作过程中，大部分台资企业因怕麻烦而不愿提供境外公证机构或注册会计师的确认证明。大企业往往在台湾有公司，可以拿到台湾公司抵扣。而对于在台湾无公司的台资中小型企业只能采用变通办法来规避。
    为促进中小台企发展，为他们创造更好的经营环境，特提出以下建议：
    1、加大对发票管理办法的宣传。通过广播、行业报刊、网站等多种媒体进一步扩大宣传，让台商广为知晓。基层税务人员在对台资企业办税时增强服务意识，积极主动进行宣传。
    2、加强对基层税务人员的培训。确保税务人员正确完整掌握税法精神，不得以任何借口加以阻碍或给企业造成不便。
    3、在实际操作过程中提供便利。对合理的企业开支，进一步简便手续，予以及时抵扣。对于税务机关存在较大疑虑的费用，方可要求发票公证或会计师证明。